申请马德里商标注册有优点也有缺点，接下来将申请马德里商标注册的优缺点对比如下：

申请马德里商标注册优点，手续简单、费用较低，商标申请人只需要向世界知识产权组织国际局提交一份申请，缴纳一次费用就可以向除原属国之外的其他马德里体系国家提出商标注册申请，一般情况下通过马德里商标注册比去各国逐一申请商标注册在费用上更为便宜。

申请马德里商标注册的缺点，马德里商标注册必须以国内商标注册或者国内商标注册申请为基础，在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告，因此在申请的时间上有一定的限制，通过马德里国际注册程序注册的商标，如果在注册之日起5年之内，基础注册或申请全部或部分被驳回、撤回、注销、撤销、放弃或宣布无效，那么其效力及于所有指定国，即该商标不得再要求国际注册给予保护，而不管该商标的国际注册是否已经被转让;

对于在各缔约方被驳回或被异议的国际注册申请，国际局不负责转交申请人需要向缔约方提交的复审或答辩书件，只能由申请人委托该缔约方认可的代理机构递交，国际局在收到国际注册申请后会颁发一张国际注册证，但其效力仅类似于国内的受理通知书，且大多数缔约方的商标主管机关在审查之后一般也不再颁发注册证或核准通知书，只有在商标被全部或部分驳回的情况下，才向申请人发出驳回通知书。